راهنمای تعاملی الکتروفورز ژل آگارز

غلظت مناسب آگارز را بر اساس اندازه مورد انتظار قطعات DNA انتخاب کنید (از بخش ابزارها کمک بگیرید).
پودر آگارز را با بافر الکتروفورز (TAE یا TBE) مخلوط کنید.
محلول را در مایکروویو حرارت دهید تا کاملاً شفاف شود. مراقب جوشیدن ناگهانی باشید.
اجازه دهید محلول تا دمای حدود ۶۰ درجه سانتی‌گراد خنک شود.
در صورت استفاده از رنگ‌آمیزی اولیه (pre-staining)، رنگ DNA را اضافه کنید.
محلول را در سینی مخصوص بریزید و شانه را در جای خود قرار دهید.
اجازه دهید ژل به مدت ۲۰-۳۰ دقیقه در دمای اتاق جامد شود.

نمونه DNA خود را با رنگ بارگذاری (Loading Dye) به نسبت مناسب (مثلاً 5:1) مخلوط کنید.
رنگ بارگذاری چگالی نمونه را افزایش داده و به ته‌نشین شدن آن در چاهک کمک می‌کند.
ژل جامد شده را در تانک الکتروفورز قرار دهید. چاهک‌ها باید نزدیک به الکترود منفی (سیاه) باشند.
تانک را با همان بافری که برای تهیه ژل استفاده کردید پر کنید تا سطح ژل را بپوشاند.
نمونه‌ها و لدر DNA را با دقت در چاهک‌ها بارگذاری کنید.

درب تانک را بگذارید و سیم‌ها را به منبع تغذیه متصل کنید (قرمز به مثبت، سیاه به منفی).
ولتاژ را بین ۸۰ تا ۱۵۰ ولت تنظیم کنید. ولتاژ بالاتر سریع‌تر است اما ممکن است باعث گرم شدن ژل شود.
دستگاه را روشن کنید و از تشکیل حباب در الکترودها برای اطمینان از برقراری جریان مطمئن شوید.
پیشرفت کار را با مشاهده حرکت رنگ‌های ردیاب کنترل کنید.
قبل از اینکه رنگ ردیاب از انتهای ژل خارج شود، دستگاه را متوقف کنید.

اگر از رنگ‌آمیزی ثانویه (post-staining) استفاده می‌کنید، ژل را در محلول رنگ غوطه‌ور کنید.
ژل را با احتیاط روی ترانس‌ایلومیناتور UV یا نور آبی قرار دهید.
با استفاده از تجهیزات ایمنی مناسب (محافظ صورت UV)، از ژل عکس بگیرید.
اندازه باندهای نمونه خود را با مقایسه با باندهای لدر DNA تخمین بزنید.
شدت روشنایی باندها می‌تواند تخمینی از مقدار DNA را ارائه دهد.

تکنو ژن