کلونینگ مولکولی و لیگاسیون: این فرایندها به شدت به مهارکننده‌ها حساس هستند. مقادیر ناچیز فنل، اتانول یا نمک‌ها می‌توانند آنزیم لیگاز را مهار کرده و کلونینگ را با شکست مواجه کنند. به همین دلیل، کیت‌های سیلیکا به دلیل خلوص قابل اطمینان، اغلب انتخاب ارجح هستند.

qPCR: دقت qPCR به خلوص DNA وابسته است. مهارکننده‌ها باعث تأخیر در مقدار Cq شده و منجر به تخمین نادرست از مقدار DNA هدف می‌شوند. ثبات در روش خالص‌سازی در یک مطالعه برای نتایج قابل مقایسه حیاتی است.

توالی‌یابی نسل جدید (NGS): استانداردهای خلوص برای NGS بسیار سخت‌گیرانه است. DNA ورودی باید عاری از هرگونه آلودگی باشد. نسبت‌های جذب A260/280 حدود 1.8 و A260/230 بالای 2.0 الزامی است. کیت‌های مبتنی بر سیلیکا (ستون یا بیدهای مغناطیسی) به دلیل سرعت، ثبات و قابلیت اتوماسیون، استاندارد این حوزه محسوب می‌شوند.

کار با نمونه‌های گران‌بها که غلظت کمی دارند یا تخریب شده‌اند، نیازمند بهینه‌سازی است:

• استفاده از Co-precipitant: در روش رسوب‌دهی با اتانول، افزودن گلیکوژن یا پلی‌آکریل‌آمید خطی به تشکیل پلت قابل مشاهده کمک کرده و از هدر رفتن DNA جلوگیری می‌کند.
• کاهش حجم Elution: در کیت‌های سیلیکا، استفاده از حجم کمتر بافر شستشو (مثلاً 20-10 میکرولیتر)، غلظت نهایی DNA را به طور قابل توجهی افزایش می‌دهد.
• طراحی پرایمر مناسب: برای DNA تخریب‌شده، پرایمرها باید برای تکثیر کوتاه‌ترین محصول ممکن طراحی شوند تا شانس موفقیت PCR افزایش یابد.

کیت‌های استاندارد معمولاً برای حذف قطعات کوچک طراحی شده‌اند. برای بازیابی این قطعات:

• روش فنل-کلروفرم: این روش به اندازه قطعه وابسته نیست و می‌تواند قطعات بسیار کوچک را با بازدهی بالا رسوب دهد.
• کیت‌های تخصصی: از کیت‌هایی استفاده کنید که به طور خاص برای خالص‌سازی قطعات کوچک DNA/RNA طراحی شده‌اند. این کیت‌ها دارای بافرهای اتصال با غلظت الکل بالاتر هستند که اتصال مولکول‌های کوچک به غشای سیلیکا را تسهیل می‌کنند.